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一个国际科学家团队对巨型鱿鱼的基因组进行了测序和注释

导读 研究负责人,哥本哈根大学地球研究所的宏观生态,进化与气候中心(CMEC)的副教授鲁特·达·丰塞卡(Rute da Fonseca)说:这些新结果可能会...

研究负责人,哥本哈根大学地球研究所的宏观生态,进化与气候中心(CMEC)的副教授鲁特·达·丰塞卡(Rute da Fonseca)说:“这些新结果可能会解开有关该被套种的几个尚待解决的进化问题。”

更多数据,更多问题

多年来,在世界范围内只收集到了相对很少的巨型鱿鱼-或称为Architeuthis dux-。

哥本哈根大学的研究人员使用这些样品中的线粒体DNA序列,先前已经确认所有大鱿鱼都属于一个物种。

“但是,我们最初的遗传分析提出的问题多于答案。”格洛伯研究所的汤姆·吉尔伯特教授说,他是该巨型生物先前研究的一部分。

为巨型鱿鱼生产高质量的基因组装配与将这些动物之一发现于自然环境中一样具有挑战性。但是,这是一项重要的工作,因为基因组是有机体可获得的最终工具包。

不合作的样本

实验室面临的挑战始于以下事实:可用的样品来源于分解的动物,通常在世界各地的博物馆中保存在福尔马林或乙醇中。

这意味着它们中的大多数不能用于获得良好的基因组组装所必需的高质量DNA。

此外,组织中氨和多糖水平的升高很可能是在为几乎所有可用测序技术生产合适的文库时反复失败的背后。

“这个项目提醒我们,那里有很多物种需要单独优化的实验室和生物信息学程序。在大型基因组测序联合体中设计单流水线方法时,有时有时会低估这项工作。” Rute da Fonseca说,他在哥本哈根大学生物系担任助理教授时就开始领导该项目。

认识巨人的第一步

尽管面临许多挑战,研究小组还是设法从新西兰附近的一艘渔船上收集到了新鲜冷冻的巨型鱿鱼组织样本。研究负责人说,这真是令人难以置信的运气。

使用该样本,研究人员能够生产出目前最有效的头足类基因组。

该研究背后的研究人员解释说,这项“基因组草案”为解决头足类基因组进化的许多新问题提供了独特的可能性。

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