阿米巴包囊是指阿米巴未成熟阶段。包囊多见于隐性感染者及慢性患者粪便中，呈圆形、5～20μm大小，成熟包囊具有4个核，是溶组织阿米巴的感染型，具有传染性。

未成熟的包囊有单核和双核包囊，胞质中储存的营养物质拟染色体和糖原团。铁苏木素染色后，拟染色体呈棒状，糖原团被溶解，呈空泡状;碘液染色后拟染色体不着色，而糖原团为棕黄色。