UEA和Quadram研究所的科学家们已经开发出一种新的，快速的诊断下呼吸道感染的方法，可以改善患者护理并控制抗菌药物耐药性的传播。

肺炎等下呼吸道感染每年造成约300万人死亡，并且可能由多种不同的微生物引起。

目前的诊断方法依赖于从患者样本中培养细菌，但这需要两到三天，但仍可能无法确定原因。在此期间，给予患者广谱抗生素，如果感染是由抗性病原体引起并且可能引发副作用，则可能无效。这也可以推动抗菌素耐药性的发展。

来自东英吉利大学诺里奇医学院的Justin O“Grady博士和他在Quadram研究所的团队成功开发了一种临床宏基因组学测试，以精确识别下呼吸道感染的细菌原因。临床宏基因组学使用现代测序技术研究患者样本中的所有遗传物质并鉴定存在的病原体。它还可以识别使病原体对特定抗生素具有抗性的基因。

与诺福克和诺威治大学医院以及厄勒姆研究所的同事共同开发的新方法将诊断确切感染原因的时间缩短至仅6小时。这允许使用靶向抗生素进行快速治疗，从而改善患者预后，同时减少广谱抗生素的使用并帮助抵抗抗菌素耐药性。

O“Grady博士说：”临床宏基因组学有望彻底改变传染病的诊断，我们的研究描述了第一个快速可负担且准确的临床宏基因组测试，可以在临床环境中常规使用。“

该研究发表在Nature Biotechnology杂志上，克服了迄今为止阻碍临床宏基因组学广泛部署的一些障碍。

该方法包括从患者提供的样品中快速有效地去除人类遗传物质的步骤，从而主要留下病原体DNA用于测序。该研究的资金来自生物技术和生物科学研究委员会，医学研究委员会和国家卫生研究所。

来自东英吉利大学诺里奇医学院的穆拉Charalampous说：“呼吸道样本难以使用，因为它们主要由人类遗传物质组成。去除它可以更容易地检测病原体并减少测序成本和时间。”

研究人员与Oxford Nanopore Technologies合作，使用便携式MinION测序设备，促进了实时测序数据的生成和分析。这样可以将结果时间从几天减少到几小时。

对来自疑似下呼吸道感染患者的40个样本进行了试验方法的测试。该团队随后对测试进行了改进，以提高其灵敏度，并将样品到结果的时间缩短至6小时，并对另外41个呼吸道样本进行测试。

来自UEA诺威治医学院的Gemma Kay博士说：“我们在这项研究中开发的管道产生的数据不仅可用于临床诊断，还可用于公共卫生应用，如爆发检测和医院感染控制。”

该协议目前正在一项大型多站点临床试验中进行评估，以评估其在诊断医院获得性肺炎方面的表现。“Nanopore宏基因组学能够快速临床诊断细菌性下呼吸道感染”发表在2019年6月24日的Nature Biotechnology上。