微生物定植于所有体表，有助于平衡免疫系统。在新生儿中，肠道微生物群首先由母乳成分调节。当引入固体食物时，肠道微生物群会发展并且细菌会增殖。来自巴斯德研究所和Inserm研究所的科学家发现，当引入固体食物并扩大微生物群时，小鼠会产生一种关键的免疫反应。但是，最重要的是，他们已经证明这种免疫反应是必不可少的，因为它参与了免疫系统的教育，并导致成年期对炎性疾病(过敏，结肠炎，自身免疫疾病，癌症)的易感性较低。这些发现发表在2019年3月19日的Immunity杂志上。

随着19世纪中期卫生条件的改善，微生物引起的疾病死亡率急剧下降。在我们目前的工业社会中，卫生学假说现在指出，在早期减少微生物接触可能导致对过敏或自身免疫疾病的易感性增加。以前的研究表明，微生物群的破坏，特别是通过接触抗生素，可能会导致过敏反应。

在新生儿中，肠道微生物群的组成在出生时由从母体获得的细菌和母乳的组成来确定。它主要以双歧杆菌和乳酸杆菌为特征。当引入新食物时，微生物群增殖并且细菌数量增加10至100倍。来自GérardEberl领导的微环境与免疫部门(Institut Pasteur / Inserm)的科学家(Ziad Al Nabhani及其同事)发现，这种现象引发了小鼠的强烈免疫反应。“我们发现这种机制发生在一个非常特定的时间窗口内：小鼠在两到四周之间相对于人类需要三到六个月”，该研究的第一作者GérardEberl解释说。

“然后我们假设这个特定的时间窗口意味着免疫反应随着时间的推移而编程，因此在免疫系统的发展中起着独特的作用”GérardEberl继续说道。科学家证明，通过在这个关键时间窗口内用抗生素治疗小鼠，小鼠随后更容易出现炎症性疾病(肠道过敏，结肠直肠癌和结肠炎)。一旦微生物群被抗生素破坏，免疫反应就不再发生。

“这就是所谓的致病性印记”GérardEberl解释说，“也就是说，儿童早期发生的事件决定了未来对炎症性疾病的易感性”。

科学家还揭示了在这个反应中存在特定细胞，这是平衡免疫反应所必需的。这些调节性T细胞(Tregs)是关键的调节剂，没有它们，免疫反应会加剧，导致炎症性疾病。

所有这些数据都强调了早期生活暴露于微生物群对于平衡免疫系统发展的重要性。“我们现在想确认这些关于微生物群在断奶时对其他疾病的影响的研究结果，例如神经退行性疾病，”GérardEberl总结道。