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有包囊和滋养体两种形态。包囊为感染型，滋养体为繁殖型。痰液涂片吉姆萨染色检查包囊。利用单抗查血清中的卡氏肺孢菌抗原。也可检测核酸。

可寄生于多种动物和人体。主要是空气传播，在健康人体内多为无症状的隐性感染。当宿主免疫力下降时，潜伏的卡氏肺孢菌在病人肺内大量繁殖扩散，导致间质性浆细胞肺炎，又称卡氏肺孢菌肺炎(PCP)。卡氏肺孢菌病是AIDS最常见、最严重的机会感染性疾病。

延伸阅读：

卡氏肺孢菌性肺炎(pneumocystis pneumonia)是由卡氏肺孢菌(pneumocystis carinii)感染引起的间质性肺炎。

此病是艾滋病最常见的机会性感染，约占因机会性感染死亡者的一半。也见于营养不良的婴幼儿或免疫功能抑制者。肺孢菌过去一直被认为是原虫，称为卡氏肺囊虫，但事实上它是一种真菌。血清学检测显示几乎每个人在出生后都受到肺孢菌的感染，只是呈隐性感染，不引起任何症状。

本病的特征性病变是肺泡腔内充满大量泡沫状、嗜酸性渗出物，后者由大量免疫球蛋白及菌体构成，肺泡间隔及肺泡腔内可见大量巨噬细胞、淋巴细胞、浆细胞浸润，部分区域可见肉芽肿性病变。银染可显示出泡沫样渗出物或巨噬细胞浆中的肺孢菌的菌壁。约50%患者可以通过肺灌洗液的病原体检查得到确诊。临床上患者主要表现为发热、咳嗽、呼吸困难、缺氧等症状，早期诊断及时治疗，其病变可恢复。