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肠球菌为革兰阳性，成双或短链状排列的球菌、卵圆形，无芽胞，无荚膜，部分肠球菌有稀疏鞭毛。营养要求高，需氧及兼性厌氧菌，最适生长温度35℃。

与同科链球菌的显著区别在于肠球菌能在高盐(6.5%NaCl)、高碱(pH9.6)、40%胆汁培养基上和10℃～45℃环境下生长，并对许多抗菌药物表现为固有耐药。触酶试验阴性，在胆汁七叶苷和含6.5%NaCl培养基中可以生长，此点可与链球菌鉴别。