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新的鸟类基因组可以洞察基因组多样性的演变

鸟类10,000个基因组计划(B10K)是由哥本哈根大学,深圳华大基因研究院中国国家基因库,史密森尼国家自然历史博物馆,洛克菲勒大学和中国科学院共同领导的大型国际项目。在今天发表在《自然》杂志上的一项研究中,B10K达到了其家族阶段的里程碑,释放了包括267个新基因组在内的363种鸟类的基因组资源,并阐明了这些资源如何提高基因组进化分析的分辨率。

该论文还建立了一条新的流程来分析前所未有的基因组数据规模,从而揭示了整个鸟类谱系中基因组序列得失的详细情况。研究表明,雀形目鸟类是现存鸟类中最大的一种,具有与其他鸟类不同的基因组特征。雀形目基因组还包含生长激素基因的其他副本。鸣鸟是一组Passeriformes,已经失去了一种称为cornulin的基因,这可能有助于其多样化的纯音发声的发展。密集基因组采样还有助于检测低至单碱基水平的自然选择信号,这对于少数基因组来说是不可能的。

哥本哈根大学生物学系Villum生物多样性基因组学研究中心负责人张国杰说:“只有在比较基因组分析中密集地显示该物种时,这种检测能力才有可能。”“这些基因组使我们能够探索不同鸟类群体之间的基因组变异,并有助于了解它们的多样化过程”。

来自24个国家/地区的125个机构的150多名研究人员进行了大规模的合作。为了对鸟类的基因组进行测序,该项目很大程度上依赖于存储在全球博物馆中的组织样本。史密森尼国家自然历史博物馆,丹麦自然历史博物馆和路易斯安那州立大学自然科学博物馆贡献了该项目的大部分样本。这使他们能够对稀有和濒临灭绝的鸟类的基因组进行测序,这将是保护行动的重要资源。

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