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基因组研究平台扩展了实验室技术的使用以显示细胞中的DNA

Karolinska Institutet的研究人员提供了一种公开可用的资源,可以加速使用所谓的FISH技术来研究基因组在细胞核中的空间组织方式。新平台为研究和诊断实验室提供了更具成本效益的分析,在自然通讯科学杂志上有所描述。

DNA荧光原位杂交(FISH)是20世纪80年代建立的一种强大的技术,它使用荧光探针在显微镜下观察特定的DNA位点或整个染色体。在过去的三十年中,DNA FISH已被广泛用于研究和诊断。

然而,由于具有挑战性的设计和大量不同探针(与荧光染料缀合的互补DNA序列)的产生,使用受到限制。对于大多数实验室而言,制备靶向多个感兴趣的基因组基因座的探针一直是具有挑战性的,而商业上可获得的探针通常限于少数基因座并且非常昂贵。

为了解决这个问题,Karolinska Institutet和SciLifeLab的研究人员建立了一个名为iFISH的平台,该平台允许以简单且经济的方式并行生成数百个DNA FISH探针。

不断扩大存储库

使用iFISH,他们生成了一个包含所有人类常染色体和染色体X的超过400个探针的大型存储库,现在不断扩大。除探针外,研究人员还创建了一个最佳设计的短序列数据库和一套用于设计DNA FISH探针的工具,可以自由访问。

“这是一个及时的资源,将使三维基因组架构领域的许多团体能够快速访问人类基因组中几乎任何基因座的DNA FISH探针,并自由使用我们最先进的工具进行设计探究,“Magda Bienko说,他是该研究的两位主要研究人员之一,也是该论文的高级作者。

该储存库不仅限于DNA FISH探针,而是现在扩展到包括RNA FISH探针的探针。我们的目标是扩大并建立一个针对人类和小鼠基因组中每个基因的探针库。这将成为不断增长的研究人员的宝贵资源,这些研究人员使用单分子RNA FISH作为伴随分析。单细胞RNA-seq或空间转录组学,“参与该研究的另一位PI Nicola Crosetto说。

开源科学

“我们相信这是开源科学的一个很好的例子,它不仅可以促进FISH技术在研究中的应用,还可能用于诊断实验室,特别是在难以获得商业FISH探针的弱势国家,”Magda总结道。 Bienko。

Magda Bienko和Nicola Crosetto都是Karolinska Institutet医学生物化学和生物物理学系以及SciLifeLab的助理教授,他们带领两个研究小组就基因组架构和脆弱性这一广泛主题密切合作。

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