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Nature:细菌组也能鉴别主人身份

摘要 : 人的指纹、瞳孔和长相具有个性化的特征,因此可以作为个体识别的标志,细菌组也具有类似的特征,也就是说细菌组具有个性化。甚至通过分析一个人身体上的细菌DNA,就能鉴别一个人。

 

人的指纹、瞳孔和长相具有个性化的特征,因此可以作为个体识别的标志,细菌组也具有类似的特征,也就是说细菌组具有个性化。甚至通过分析一个人身体上的细菌DNA,就能鉴别一个人。论文刚刚发表在PNAS上,研究发现通过分析个体的细菌DNA,不仅能鉴别个体,也可以分析某个人的健康、饮食和种族。论文中并没有标明具体受试者的姓名,并认为这种方法作为鉴别个体仍然十分困难,但作者建议开展细菌组学研究者的应该注意这一问题。

研究通讯作者是哈佛大学公共卫生学院计算生物学家Curtis Huttenhower,他认为现在对细菌组数据的管理过于松懈。随着研究的深入,我们应该清楚,每个人的细菌都是独特的。意味着每个人的细菌组都属于个人隐私。根据4月29日发表在《基因组研究》的论文,NIH已经公开微生物DNA,也包括用于识别个体的微生物DNA。

人类基因组研究多年来一直纠结于个人隐私的问题,2013年,科学家发现能通过1000人人类基因组计划中的DNA的序列识别出5个受试者的年龄、居住地和性氏。最近细菌组影响人体健康和行为的研究逐渐成为研究热点,关于细菌组的研究数据也越来越多,但是细菌组的稳定性或者是否存在长期个性化细菌类型的问题一直不太清楚。

利用NIH的人类细菌组计划HMP的公开研究数据,Huttenhower小组收集来自肠道、口腔、皮肤和阴道等部位的样本,结合一些在个体能长期稳定存在特定类型细菌的遗传标记分析。虽然HMP没有公布人的姓名,但仍然能对比来自同一个体不同时间的样本。

大便样本的细菌个性特征最明显,一个人第一次样本和第二次样本有86%的类似性,皮肤样本的精确度只有1/4,利用细菌种群DNA标签的个性化比单纯用细菌种群更可靠。

这一研究说明,菌群也涉及到个人隐私的问题,这应该引起相关研究者的注意。

原文链接:

Microbiomes raise privacy concerns

原文摘要:

Call it a ‘gut print’. The collective DNA of the microbes that colonize a human body can uniquely identify someone, researchers have found, raising privacy issues.

The finding, published in Proceedings of the National Academy of Sciences on 11 May, suggests that it might be possible to identify a participant in an anonymous study of the body’s microbial denizens — its microbiome — and to reveal details about that person’s health, diet or ethnicity. A publicly available trove of microbiome DNA maintained by the US National Institutes of Health (NIH), meanwhile, already contains potentially identifiable human DNA, according to a study2 published inGenome Research on 29 April.

来源: Nature 浏览次数:0

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