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Nat Commun:复旦大学赵快乐课题组破解食管鳞癌高发“密码”

摘要 : 近日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communication》杂志在线发表了复旦大学附属肿瘤医院放射治疗中心赵快乐课题组、美国安德森癌症中心的Han Liang课题组和复旦大学基础医学院刘赟课题组合作的一篇研究论文

近日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communication》杂志在线发表了复旦大学附属肿瘤医院放射治疗中心赵快乐课题组、美国安德森癌症中心的Han Liang课题组和复旦大学基础医学院刘赟课题组合作的一篇研究论文,研究发现导致中国等亚裔人种食管鳞癌发病风险高的重要原因——NFE2L2基因的“胚系突变”发生风险较其他人种更高。

课题团队对300余例中国食管鳞癌患者进行了全外显子组和/或靶向测序,绘制出中国食管鳞癌基因图谱;又将该图谱中的数据与美国肿瘤和癌症基因图谱(TCGA)数据库中的食管鳞癌数据进行对照,分析两张图谱中的“密码”,进而找到致使两个不同人种之间食管癌发病和病理类型存在差异的“元凶”。

“经过数据比较,我们发现相比于美国食管鳞癌患者,中国等亚裔人种食管鳞癌患者中TP53、EP300以及NFE2L2三个基因有更高的突变频率。”赵快乐表示“它们在食管癌患者中表现出更高的突变频率,显示我国食管癌患者的基因有着显著独特性。”

研究还首次发现,中国等亚裔人种NFE2L2基因的“胚系突变”明显更高,是美国白人人种的3倍。“胚系突变”存在于生殖细胞中,可以代代相传,导致这种突变呈现“人种聚集”的现象。这种NFE2L2基因能保护细胞避免发生氧化损伤,从而降低潜在的癌变风险;一旦发生突变,将减弱对细胞的保护功能。

“挖掘出不同人种的基因差异,可为我国食管癌的预防、筛查和早期诊断提供基础。” 赵快乐表示,高度聚集的NFE2L2基因“胚系突变”很有可能为食管癌的早期预防提供帮助,如果能在中国人中筛查出NFE2L2基因“胚系突变”的人群,并进行预防性干预,将使食管癌的预防和早期筛查成为可能,同时还可开发出相应的靶向药物。

原文链接:

Comparative genomic analysis of esophageal squamous cell carcinoma between Asian and Caucasian patient populations

原文摘要:

Esophageal squamous cell carcinoma is a major histological type of esophageal cancer, with distinct incidence and survival patterns among races. Although previous studies have characterized somatic mutations in this disease, a rigorous comparison between different patient populations has not been conducted. Here we sequence the samples of 316 Chinese patients, combine them with those from The Cancer Genome Atlas, and perform a comparative analysis between Asian and Caucasian patients. We find that mutated CSMD3 is associated with better prognosis in Asian patients. Applying a robust computational strategy that adjusts for both technical and biological confounding factors, we find that TP53, EP300, and NFE2L2 show higher mutational frequencies in Asian patients. Moreover, NFE2L2 mutations correlate with the allele status of a nearby high-Fst SNP, suggesting their potential interaction. Our study provides insights into the molecular basis underlying the striking racial disparities of this disease, and represents a general computational framework for such a cross-population comparison.

来源: Nature Communications 浏览次数:0

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