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Nat Biotechnol:北京大学黄岩谊课题组发表DNA测序方法突破性论文

摘要 : 2017年11月6日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Biotechnology》杂志在线发表了北京大学生物动态光学成像中心、工学院黄岩谊教授课题组发表的一篇研究论文,论文发表了研究组在DNA测序方法的研究突破。

2017年11月6日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Biotechnology》杂志在线发表了北京大学生物动态光学成像中心、工学院黄岩谊教授课题组发表的一篇研究论文,论文发表了研究组在DNA测序方法的研究突破。团队在此前谢晓亮教授首创的荧光发生测序技术基础上发展了一种全新概念的测序方法——纠错编码(简称ECC)测序法。ECC测序法采取一种独特的边合成边测序(SBS)策略,利用多轮测序过程中产生的简并序列间的信息冗余,大幅度增加了测序精度。研究进展题为“Highly accurate fluorogenic DNA sequencing with information theory-based error correction”。北京大学博士后陈子天为论文第一作者,黄岩谊是文章的通讯作者。

ECC测序法的化学反应采用了荧光发生测序技术,该技术由谢晓亮课题组于2011年首次报道(Nature Methods(2011) 8, 575.),原理巧妙之处在于在DNA互补链合成时可以释放同所延伸核苷酸数目相等的荧光分子,利用这一反应可以实现低错误率的SBS。黄岩谊课题组在此基础上,过去几年对该方法进行了拓展(ChemBioChem(2015) 16, 1153.),为本次技术突破奠定了基础。该团队首先从化学原理上对荧光发生测序技术中的荧光标记分子进行了结构优化,设计合成了具有不同波长、更优性能的测序底物分子,并对聚合酶参与的各阶段反应动力学进行了细致的测量和建模;在深入理解荧光发生测序化学反应速度、完成度、副反应等关键技术细节的基础上,完善了ECC测序原理样机的搭建,不断迭代优化测序反应条件和信号采集流程;从数据入手,构建了精确的测序信号失相模型并提出了次级延伸理论,并据此开发出算法软件对测序反应失相过程做出了合理简化使其具备了实用性。

在ECC测序法中,序列信息的冗余来自黄岩谊课题组新发展的“对偶碱基荧光发生”SBS测序流程,该流程通过对测序试剂按对偶碱基分为两两匹配的三组,并对待测DNA序列进行三轮独立测序,继而产生三条互相正交的简并序列编码。这三条编码可互为校验,后续不但能够通过解码推导出真实碱基序列信息,而且具备对单轮测序错误位点的校正能力。ECC编码和解码策略已被广泛应用在信息通讯和存储等其它领域中,并被证实可以有效检测和纠正数据传输或存储时发生的错误。此次黄岩谊团队在测序技术中首次引入冗余编码概念,通过和低错误率的荧光发生测序技术巧妙结合,在实验室搭建的原理样机上获得了单端测序超过200碱基读长无错误的实验结果。

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原文链接:

Highly accurate fluorogenic DNA sequencing with information theory–based error correction

原文摘要:

Eliminating errors in next-generation DNA sequencing has proved challenging. Here we present error-correction code (ECC) sequencing, a method to greatly improve sequencing accuracy by combining fluorogenic sequencing-by-synthesis (SBS) with an information theory–based error-correction algorithm. ECC embeds redundancy in sequencing reads by creating three orthogonal degenerate sequences, generated by alternate dual-base reactions. This is similar to encoding and decoding strategies that have proved effective in detecting and correcting errors in information communication and storage. We show that, when combined with a fluorogenic SBS chemistry with raw accuracy of 98.1%, ECC sequencing provides single-end, error-free sequences up to 200 bp. ECC approaches should enable accurate identification of extremely rare genomic variations in various applications in biology and medicine.

来源: Nature Biotechnology 浏览次数:0

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