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Nat Commun:中科院微生物所娄春波课题组发表基因元件设计原则研究进展

摘要 : 2017年7月3日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communications》杂志上在线发表了中国科学院微生物研究所娄春波课题组与北京大学欧阳颀教授研究组合作题为“Insulated Transcriptional Elements Enable Precise Design of Genetic Circuits”的研究论文。

2017年7月3日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communications》杂志上在线发表了中国科学院微生物研究所娄春波课题组与北京大学欧阳颀教授研究组合作题为“Insulated Transcriptional Elements Enable Precise Design of Genetic Circuits”的研究论文。他们开发了一套普适于原核生物转录调控元件的绝缘化设计原则。该原则通过绝缘化处理消除了基因转录过程的核心元件—启动子(Promoter)和操作子(Operator)之间的功能干涉效应,显著提高了它们的模块化属性和组装过程可预测性,从而首次在生物基因层面实现了计算机辅助设计和虚拟优化的全过程。该研究成果极大地简化了人工基因调控网路的设计过程,为人工生命系统的理性设计奠定了重要技术基础。微生物研究所博士研究生宗夜晴和北京大学博士张浩千为共同第一作者,娄春波研究员和欧阳颀教授为共同通讯作者。

启动子和操作子是转录调控的核心元件。启动子负责招募RNA聚合酶开启转录过程;操作子则通过招募转录因子控制启动子活性的上调或下调,从而实现基因表达信息流的整合与调控。基因表达调控作用是细胞生长、代谢和分化等重要生命活动的基础,因此设计满足目标功能的启动子-操作子转录调控系统,是构建高性能基因网络的重要基石。

在天然转录调控系统中,启动子与操作子之间存在着复杂的相互作用,难以进行独立的替换和调试。该课题组通过元件的定量化测试,获得了具备模块化潜力的两类启动子,并通过鉴定出最小启动子功能序列区确定了启动子与操作子的序列边界;另一方面,研究者鉴定并去除了操作子由内部组合而产生的自发转录活性,从而进一步实现了启动子和操作子的彼此绝缘化。随后,研究者根据精确定量的实验结果,提出了对上述基因调控元件进行参数化的理论框架(图1)。

以上述绝缘化的53个启动子和36个操作子为基本元件库,研究者测试了所有1908个可能组合中的127个具有“非门”(NOT gate)功能的基因网络,实验结果和理论预测的高度吻合(R2=0.95)显示了使用绝缘化元件的启动子设计具有高度预测性(图2)。为了进一步展示绝缘化设计原则的普适性,研究者设计了复杂的非一致性前馈网络(Incoherent Feed Forward Loop circuit, IFFL),并利用计算机穷举了所有参数化的启动子和操作子元件,挑选性能最优的IFFL网络进行实验测试,结果显示最终获得的基因网络在性能上超出类似网络10倍,同时所有的元件组合结果都可以被理论模型所预测。这些结果充分体现了绝缘化设计原则的实用性与普适性。该研究成果的推广与应用,将有力地推进人工构建生命系统的研究进程,进而满足人们在健康、医疗、环境、食品等领域的高层次需求。

图1. 启动子和操作子绝缘化设计流程

图2. 利用绝缘化和参数化的元件实现遗传线路的可预测设计

原文链接:

Insulated transcriptional elements enable precise design of genetic circuits

原文摘要:

Rational engineering of biological systems is often complicated by the complex but unwanted interactions between cellular components at multiple levels. Here we address this issue at the level of prokaryotic transcription by insulating minimal promoters and operators to prevent their interaction and enable the biophysical modeling of synthetic transcription without free parameters. This approach allows genetic circuit design with extraordinary precision and diversity, and consequently simplifies the design-build-test-learn cycle of circuit engineering to a mix-and-match workflow. As a demonstration, combinatorial promoters encoding NOT-gate functions were designed from scratch with mean errors of <1.5-fold and a success rate of >96% using our insulated transcription elements. Furthermore, four-node transcriptional networks with incoherent feed-forward loops that execute stripe-forming functions were obtained without any trial-and-error work. This insulation-based engineering strategy improves the resolution of genetic circuit technology and provides a simple approach for designing genetic circuits for systems and synthetic biology.

来源: Nature Communications 浏览次数:0

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