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Nat Commun:德国学者报道南美原生有蹄动物长颈驼基因组

摘要 : 2017年6月27日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communications》杂志上在线发表了德国波茨坦大学Michael Hofreiter研究员的一篇研究论文,论文报告了已灭绝的南美原生有蹄动物长颈驼(Macrauchenia patachonica)的近乎完整的线粒体基因组。

2017年6月27日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communications》杂志上在线发表了德国波茨坦大学Michael Hofreiter研究员的一篇研究论文,论文报告了已灭绝的南美原生有蹄动物长颈驼(Macrauchenia patachonica)的近乎完整的线粒体基因组。自达尔文首次发现南美原生有蹄动物化石以来,它们的演化关系就一直困扰着生物学家们,但古DNA则为其带来了新的见解。

现已灭绝的南美原生有蹄动物拥有着不同寻常的性状组合——体型似骆驼,鼻部似貘——不符合经典分类方法。之前,古胶原蛋白中的蛋白质序列为认识这种令人困惑的物种与现存哺乳动物的关系提供了最好的解释。人们一直尝试利用古DNA进一步了解这些与众不同的动物的演化历史,但是却因为DNA降解和缺乏来自近亲的参照基因组而受阻。

Michael Hofreiter及同事克服了这些困难,他们使用新型测序和映射技术来组装从长颈驼化石样本中收集到的古DNA的线粒体基因组。之后,他们对DNA序列进行系统发育分析,评估这些动物的演化关系,结果强化了之前的蛋白质组学分析,即滑距骨目(包括长颈驼)是奇蹄目(马、貘和犀牛)的姐妹群,并且表明这些动物类群在6600万年前左右出现分化。

该研究展示了如何在甚至没有现存亲缘物种参照基因组的情况下,重建古基因组。不过,还需要开展额外研究才能阐明其它南美原生有蹄动物类群的演化关系。

原文链接:

A mitogenomic timetree for Darwin’s enigmatic South American mammalMacrauchenia patachonica

原文摘要:

The unusual mix of morphological traits displayed by extinct South American native ungulates (SANUs) confounded both Charles Darwin, who first discovered them, and Richard Owen, who tried to resolve their relationships. Here we report an almost complete mitochondrial genome for the litoptern Macrauchenia. Our dated phylogenetic tree placesMacrauchenia as sister to Perissodactyla, but close to the radiation of major lineages within Laurasiatheria. This position is consistent with a divergence estimate of ∼66 Ma (95% credibility interval, 56.64–77.83 Ma) obtained for the split between Macrauchenia and other Panperissodactyla. Combined with their morphological distinctiveness, this evidence supports the positioning of Litopterna (possibly in company with other SANU groups) as a separate order within Laurasiatheria. We also show that, when using strict criteria, extinct taxa marked by deep divergence times and a lack of close living relatives may still be amenable to palaeogenomic analysis through iterative mapping against more distant relatives.

来源: Nature Communications 浏览次数:0

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