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Nat Methods:北京大学伊成器研究组发表“表观转录组分析”综述

摘要 : 2016年12月29日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Methods》杂志在线发表了北京大学生命科学学院伊成器研究组题为“Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications” 的综述论文。

 2016年12月29日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Methods》杂志在线发表了北京大学生命科学学院伊成器研究组题为“Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications” 的综述论文。北京大学生命科学学院博士生李笑雨、博士生熊旭深参与了论文的写作;生命科学学院伊成器研究员为论文通讯作者。

表观转录组学(epitranscriptomics,又称“RNA表观遗传学”)是近年来兴起的前沿科研领域。目前已知的转录后修饰已有一百多种,并且这当中许多修饰都能够参与真核生物基因表达的调控。在表观转录组学的研究当中,RNA修饰全转录组水平检测技术的发展至关重要。本论文对于真核生物mRNA上已知的几种主要修饰(包括N6-methyladenosine,N6,2’-O-dimethyladenosine, 5-methylcytidine, 5-hydroxylmethylcytidine, inosine, pseudouridine andN1-methyladenosine)的检测技术进行了综述,并且对目前表观转录组分析技术存在的挑战及未来的发展方向进行了展望。

本期《Nature Methods》杂志将“表观转录组分析” (Epitranscriptome analysis)评选为2016年的年度方法;伊成器研究组在该领域发表的两项化学生物学新技术(Nat. Chem. Biol. 11, 592–597 (2015) ;Nat. Chem. Biol. 12, 311–316 (2016))也被年度方法所提及。

配图

mRNA上的化学修饰

原文链接:

Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications

原文摘要:

In recent years, major breakthroughs in RNA-modification-mediated regulation of gene expression have been made, leading to the emerging field of epitranscriptomics.Our understanding of the distribution, regulation and function of these dynamic RNA modifications is based on sequencing technologies. In this Review, we focus on the major mRNA modifications in the transcriptome of eukaryotic cells: N6-methyladenosine, N6, 2′-O-dimethyladenosine, 5-methylcytidine, 5-hydroxylmethylcytidine, inosine, pseudouridine and N1-methyladenosine. We discuss the sequencing technologies used to profile these epitranscriptomic marks, including scale, resolution, quantitative feature, pre-enrichment capability and the corresponding bioinformatics tools. We also discuss the challenges of epitranscriptome profiling and highlight the prospect of future detection tools. We aim to guide the choice of different detection methods and inspire new ideas in RNA biology.

来源: Nature Methods 浏览次数:0

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