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Nat Met:俄罗斯学者发布宏基因组测序新工具

摘要 : Nature出版集团旗下子刊《Nature Methods》上在线发表俄罗斯圣彼得堡国立经济大学Anton Bankevich与Pavel Pevzner研究员的一篇文章,文章报道了一个名为TruSPADES的强大工具,可以大大提升研究者们测序宏基因组的能力。

 Nature出版集团旗下子刊《Nature Methods》上在线发表俄罗斯圣彼得堡国立经济大学Anton Bankevich与Pavel Pevzner研究员的一篇文章,文章报道了一个名为TruSPADES的强大工具,可以大大提升研究者们测序宏基因组的能力。这种算法能将Illumina测序仪生成的300bp短读取,合并成大约1万bp的基因组片段(Synthetic Long Reads)。如果说用短读取相当于语句,那么长片段就是整章文字。显而易见,把整章文字还原成一本书要容易得多。

TruSPADES主要是先给100-300bp的短读取装上条码,然后通过de brujin 图把这些片段组装起来,生成Synthetic Long Reads。这种低成本的方法可以更好的确定相连片段,获得更长更准确的长测序片段。

研究人员正在将这一方法用于各种微生物群体,从人体微生物组到海洋微生物组。“这是新一代的测序技术,会对宏基因组测序产生很大的影响”这项研究的领导者,俄国科学家Pavel Pevzner教授指出。

原文链接:

TruSPAdes: barcode assembly of TruSeq synthetic long reads

原文摘要:

The recently introduced TruSeq synthetic long read (TSLR) technology generates long and accurate virtual reads from an assembly of barcoded pools of short reads. The TSLR method provides an attractive alternative to existing sequencing platforms that generate long but inaccurate reads. We describe the truSPAdes algorithm (http://bioinf.spbau.ru/spades) for TSLR assembly and show that it results in a dramatic improvement in the quality of metagenomics assemblies.

来源: Nature Methods 浏览次数:67

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