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Sci Rep:中科院海洋所相建海教授完成凡纳滨对虾基因组探查并构建高密度遗传连锁图谱

摘要 : 近日,国际权威学术刊物自然出版集团旗下子刊《Scientific Reports》在线发表了中国科学院海洋研究所相建海教授的一篇研究论文,研究人员利用高通量测序技术,对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查(Survey)分析,并在此基础上成功构建全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。

 近日,国际权威学术刊物自然出版集团旗下子刊《Scientific Reports》在线发表了中国科学院海洋研究所相建海教授的一篇研究论文,研究人员利用高通量测序技术,对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查(Survey)分析,并在此基础上成功构建全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。海洋所博士后于洋和研究员张晓军为该文章的共同第一作者,相建海教授为论文通讯作者。

研究通过基因组探查(Survey)分析结果显示:凡纳滨对虾基因组中重复序列和杂合度比例均很高,其高复杂度使得国际上早已开始的全基因组测序与组装的努力久拖不决,被认为是目前已完成或正在测序物种中难度很大的种类之一。

在基因组探查的基础上,研究团队对一个人工选育的全同胞家系的父母本和205个子代进行高通量测序文库构建和简化基因组测序。最终构建的图谱包含44个连锁群,与凡纳滨对虾单倍体染色体数目一致,整合图谱中含有标记6,146个,总图距4,271.43 cM,标记间平均图距0.7 cM。同时,该团队还利用该图谱成功定位了11个体长相关和7个体重相关的QTL,为推动凡纳滨对虾的分子标记辅助选育研究和全基因组选择育种研究提供了重要的资源。

凡纳滨对虾是我国也是世界养殖产量最高的对虾,还是世界单一种类产值最高的水产养殖对象,培育高产抗逆的对虾新品种对于推动对虾养殖业的发展具有重要意义。高密度遗传连锁图谱可以定位重要经济性状的QTL位点,利用获得的与生长相关的分子标记辅助经典选育,能够显著加快对虾新品种的培育过程。

目前,研究团队正采取多种策略进行凡纳滨对虾全基因组序列的测定和组装工作。利用基因组Survey组装的基因组序列数据和BAC末端测序数据,已完成遗传图谱、基因组组装scaffold以及BAC克隆的初步整合,为后续的全基因组序列组装和重要基因的定位打下了坚实基础。

凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱(整合图谱)

凡纳滨对虾遗传连锁图谱(LG1)与基因组scaffold和BAC克隆的整合

原文链接:

Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White ShrimpLitopenaeus vannamei

原文摘要:

The Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei is the dominant crustacean species in global seafood mariculture. Understanding the genome and genetic architecture is useful for deciphering complex traits and accelerating the breeding program in shrimp. In this study, a genome survey was conducted and a high-density linkage map was constructed using a next-generation sequencing approach. The genome survey was used to identify preliminary genome characteristics and to generate a rough reference for linkage map construction. De novo SNP discovery resulted in 25,140 polymorphic markers. A total of 6,359 high-quality markers were selected for linkage map construction based on marker coverage among individuals and read depths. For the linkage map, a total of 6,146 markers spanning 4,271.43 cM were mapped to 44 sex-averaged linkage groups, with an average marker distance of 0.7 cM. An integration analysis linked 5,885 genome scaffolds and 1,504 BAC clones to the linkage map. based on the high-density linkage map, several QTLs for body weight and body length were detected. This high-density genetic linkage map reveals basic genomic architecture and will be useful for comparative genomics research, genome assembly and genetic improvement of L. vannamei and other penaeid shrimp species.

来源: Scientific Reports 浏览次数:0

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