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新工具可以更深入地了解胶质母细胞瘤

贝克动物健康研究所Charles Danko实验室的研究人员开发了一种新工具,用于研究在促进癌症生长的胶质母细胞瘤中发挥作用的遗传“转换”。在Nature Genetics的一篇新论文中,他们确定了不同类型肿瘤的关键开关,包括与患者存活时间有关的开关。

胶质母细胞瘤是一种在脑或脊髓中形成的侵袭性癌症。“这是一种毁灭性的疾病,没有好的治疗选择,”主要作者,Danko实验室的研究员Tinyi Chu说。即使患者接受治疗,大多数患者在确诊后仅存活15个月。

在这项新研究中,Danko的小组与纽约州立大学上州医科大学的同事合作,从其组织库中分析了20个胶质母细胞瘤样本。

“许多疾病,包括癌症,从根本上说都是基因使用方式的缺陷,而不一定是基因本身的缺陷,”生物医学科学助理教授Danko说。基因只占我们基因组的2%。称为转录因子的开关与基因组结合以打开和关闭这些基因,从而引发导致疾病的细胞变化。

为了分析这些肿瘤,研究人员使用了一种名为ChRO-seq的技术,该技术创建了一个开关活跃的图和它们打开的基因。共同作者康奈尔分子生物学和遗传学助理教授Hojoong Kwak最初发明了ChRO-Seq作为康奈尔大学的研究生,并与Danko的小组合作开发了新的应用程序。

使用ChRO-seq数据,该团队能够将胶质母细胞瘤分类为亚型,基于哪些特定开关在不同肿瘤中与健康脑组织相比具有活性。他们还确定了三个开关,这些开关将在更大的研究中进行测试,以确定他们预测哪些患者能够在疾病中存活更长时间的能力,包括两个以前未知的连接开关。

Chu现在正在分析一组更大的胶质母细胞瘤,将患者的生存和治疗结果与每个肿瘤中的活动开关联系起来。他希望这些结果可以为患者提供个性化的治疗计划,或者有助于在未来开发新疗法。

这项新技术不仅研究癌症,还研究由基因调控功能失常引起的许多其他疾病,如某些类型的心脏病或自身免疫性疾病。Danko说:“ChRO-seq为您提供了很多关于切换肿瘤或患病细胞的信息。”“它为您提供了一个思考如何关闭该关闭的起点。”

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