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Sci Rep:华南农业大学陈乐天课题组发表蛋白与DNA互作新方法

摘要 : 2016年2月15日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Scientific Reports》在线发表华南农业大学生命科学学院、亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室陈乐天教授课题组开发一项新的蛋白与DNA研究技术方法。

2016年2月15日,国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Scientific Reports》在线发表华南农业大学生命科学学院、亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室陈乐天教授课题组开发一项新的蛋白与DNA研究技术方法。文章题为“A CAPS-based binding assay provides semi-quantitative validation of protein-DNA interactions”。博士生谢勇尧为论文第一作者,博士导师陈乐天教授为论文通讯作者。

随着二代测序技术的兴起,大规模的物种基因组测序相继完成,功能基因组学日益成为生物学研究的重点和热点。研究蛋白与DNA互作关系是功能基因组学的重要研究内容之一,其常用的分析方法如凝胶阻滞实验(EMSA)、DNA足迹法(DNA Footprinting),通常要使用昂贵的试剂盒和放射性同位素标签,存在实验操作繁琐,人员素质要求高,对环境和操作者危害较大等缺点。陈乐天教授课题组建立了一种依赖于扩增片段酶切多态性(CAPS),可半定量分析验证蛋白与DNA互作的新方法——CBA法。该技术借鉴DNA Footprinting原理和CAPS的优势,通过利用PCR扩增DNA片段中的固有或人工酶切位点是否被目的蛋白结合保护的原理,快速验证蛋白-DNA的互作关系。CBA法无须使用标签,能够简单、快速、清晰验证特定DNA与蛋白是否具有特异的相互作用,并能够半定量分析多个蛋白与相同DNA或相同蛋白与多个DNA分子间的相互作用强弱,从而大大简化了蛋白与核酸互作关系的验证。

原文链接:

A CAPS-based binding assay provides semi-quantitative validation of protein-DNA interactions

原文摘要:

Investigation of protein-DNA interactions provides crucial information for understanding the mechanisms of gene regulation. Current methods for studying protein-DNA interactions, such as DNaseI footprinting or gel shift assays, involve labeling DNA with radioactive or fluorescent tags, making these methods costly, laborious, and potentially damaging to the environment. Here, we describe a novel cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS)-based binding assay (CBA), which is a label-free method that can simplify the semi-quantitative validation of protein-DNA interactions. The CBA tests the interaction between a protein and its target DNA, based on the CAPS pattern produced due to differences in the accessibility of a restriction endonuclease site (intrinsic or artificial) in amplified DNA in the presence and absence of the protein of interest. Thus, the CBA can produce a semi-quantitative readout of the interaction strength based on the dose of the binding protein. We demonstrate the principle and feasibility of CBA using B3, MADS3 proteins and the corresponding RY or CArG-box containing DNAs.

来源: Scientific Reports 浏览次数:0

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