nature

当前位置: Nature » 生物技术 » 正文

Nature Methods:高分辨率的测序技术

摘要 : 悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出,CaptureSeq(Capture Sequencing)能够大大提高基因组分析的分辨率,为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。

 u=1246330473,2407790350&fm=11&gp=0

悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出,CaptureSeq(Capture Sequencing)能够大大提高基因组分析的分辨率,为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。

CaptureSeq结合了基因捕获技术和深度测序,是一种靶向性的RNA测序。该技术的开发者们在这项研究中,用qRT-PCR、RNA-seq和CaptureSeq对20种人类组织的长非编码RNA进行了定量分析。研究表明,CaptureSeq在检测和定量低表达的基因时特别有优势。

之前人们以为人类基因组只含大约两万个基因,这些基因是能够转录成RNA、翻译成蛋白质的DNA片段。编码蛋白的基因只占人类基因组的2%,它们的数量和功能在动物界(从线虫到人)中相对保守的。

后来科学家们意识到,基因组的其他部分含有不编码蛋白质的基因,这些非编码基因建立了能将人类与线虫区分开的复杂性。在人类发育和大脑功能的各个方面,不编码蛋白的基因都执行着重要的调控功能。这些基因大多只在少数细胞中表达或者表达水平很低,因此很难进行研究。

CaptureSeq能够准确检测样本中多个特定基因的活性,对微量和瞬时表达的基因非常灵敏,分辨率比目前的RNA测序高很多。这种测序技术特别适合研究表达量少的非编码基因,在血癌诊断中也有很大的应用前景。

在已知某种疾病的致病基因时,我们就能用CaptureSeq进行检测,通过基因表达情况快速确诊。举例来说,用CaptureSeq在血癌中检测“融合基因”的出现,能够为这种疾病的诊断和治疗带来很大的帮助。

融合基因出现在20-30%的癌症中,而白血病大约有200个已知的融合基因。目前,医生们主要是用扩增技术来检测白血病疑似患者。但这样的技术一次只能检测一个融合基因,极少有患者检测了所有的白血病融合基因。用CaptureSeq同时检测这些融合基因,不仅能节省时间和金钱,还可以挽救患者的生命。此外,CaptureSeq也能用于一系列实体瘤和许多其他的疾病。

原文链接:Quantitative gene profiling of long noncoding RNAs with targeted RNA sequencing

We compared quantitative RT-PCR (qRT-PCR), RNA-seq and capture sequencing (CaptureSeq) in terms of their ability to assemble and quantify long noncoding RNAs and novel coding exons across 20 human tissues. CaptureSeq was superior for the detection and quantification of genes with low expression, showed little technical variation and accurately measured differential expression. This approach expands and refines previous annotations and simultaneously generates an expression atlas.

来源: Nature Methods 浏览次数:74

热门文章TOP

RSS订阅 - 填写您的邮件地址,订阅我们的精彩内容: - 网站地图
网站联系电话:020-87540820 备案号:粤ICP备11050685号-8 增值电信业务经营许可证:粤B2-20120479
©2011-2015 生物帮 All rights reserved.